常用的查詢蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)以及序列的數(shù)據(jù)庫主要有哪些？

1. PIR和PSD PIR國際蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(PSD)是由蛋白質(zhì)信息資源(PIR)、慕尼黑蛋白質(zhì)序列信息中心(MIPS)和日本國際蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(JIPID)共同維護(hù)的國際上最大的公共蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫，可在這里下載。這是一個(gè)全面的、經(jīng)過注釋的、非冗余的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫，其中包括來自幾十個(gè)完整基因組的蛋白質(zhì)序列。所有序列數(shù)據(jù)都經(jīng)過整理，超過99%的序列已按蛋白質(zhì)家族分類，一半以上還按蛋白質(zhì)超家族進(jìn)行了分類。PSD的注釋中還包括對許多序列、結(jié)構(gòu)、基因組和文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫的交叉索引，以及數(shù)據(jù)庫內(nèi)部條目之間的索引，這些內(nèi)部索引幫助用戶在包括復(fù)合物、酶－底物相互作用、活化和調(diào)控級聯(lián)和具有共同特征的條目之

國際著名的三大蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫

國際著名的三大蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫有UniProt數(shù)據(jù)庫、The Human Protein Atlas數(shù)據(jù)庫、PhosphoSitePlus數(shù)據(jù)庫。

1、UniProt數(shù)據(jù)庫

蛋白組學(xué)常用數(shù)據(jù)庫UniProt（全稱UniProt Protein Resource），建立于1986年，由Swiss-Protein、TrEMBL、PIR-PSD三大蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫聯(lián)合成立的，其信息量豐富、資源廣泛，是目前公認(rèn)的首選免費(fèi)蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫。

2、The Human Protein Atlas數(shù)據(jù)庫

The Human Protein Atlas內(nèi)含近30000種人類蛋白質(zhì)的組織和細(xì)胞分布信息，并提供免費(fèi)查詢。

瑞典Knut&Alice Wallenberg基金會利用免疫組化技術(shù)，檢查每一種蛋白質(zhì)在人類48種正常組織，20種腫瘤組織，47個(gè)細(xì)胞系和12種血液細(xì)胞內(nèi)的分布和表達(dá)，其結(jié)果用至少576張免疫組化染色圖表示，并經(jīng)專業(yè)人員校對和標(biāo)引，保證染色結(jié)果具有充分的代表性。

3、PhosphoSitePlus數(shù)據(jù)庫

PhosphoSitePlus數(shù)據(jù)庫是一個(gè)由CST和NIH聯(lián)合開發(fā)的免費(fèi)資源數(shù)據(jù)庫，總結(jié)歸納了海量通過科學(xué)研究發(fā)現(xiàn)的蛋白修飾位點(diǎn)，包括磷酸化、甲基化、乙?；⒎核鼗?，并且包括一些CST公司發(fā)現(xiàn)但未發(fā)表的蛋白修飾位點(diǎn)。

該數(shù)據(jù)庫是動態(tài)的、開放的、高度互動并持續(xù)更新的。它有助于研究PTMs在正常和病理細(xì)胞/組織中的作用，同時(shí)它也是發(fā)現(xiàn)新的疾病標(biāo)志物和藥物靶點(diǎn)的有力工具。

性能及歷史

蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫（HPDB），建于2005年5月，動態(tài)展示生物大分子立體結(jié)構(gòu)，鼠標(biāo)點(diǎn)擊放大分子結(jié)構(gòu)、原子定位、測定原子之間距離，可用于教學(xué)或科研。服務(wù)對象是能夠熟練使用中文的生命科學(xué)、醫(yī)學(xué)、藥學(xué)、農(nóng)學(xué)、林學(xué)等領(lǐng)域的大中專學(xué)生、教師及科技工作者。

分子結(jié)構(gòu)特征描述采用漢語，同時(shí)提供英文原文以供考證。對于善于使用英文的讀者，我們提倡直接訪問RCSB PDB，一來可以減少網(wǎng)絡(luò)擁擠，二來可以減少由于HPDB的翻譯不妥帶來的不便。

蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫（HPDB）對每個(gè)蛋白質(zhì)分子結(jié)構(gòu)說明部分做了中文翻譯（最新加入數(shù)據(jù)庫的分子除外），內(nèi)容包括分子結(jié)構(gòu)定性描述、樣品的來源、表達(dá)載體、宿主、化學(xué)分析方法、分子結(jié)構(gòu)組成成分等。這些信息并同蛋白質(zhì)分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)存儲于數(shù)據(jù)庫，因此HPDB支持中文查詢。

蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫（HPDB）雖然翻譯了“分子結(jié)構(gòu)說明”部分，但為了保證數(shù)據(jù)的可靠性和準(zhǔn)確性，HPDB對一級結(jié)構(gòu)序列及大分子結(jié)構(gòu)坐標(biāo)數(shù)據(jù)等未做任何改動，數(shù)據(jù)庫保持RCSB PDB核實(shí)后的原始實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)文件，并保持PDB文件格式和蛋白質(zhì)分子編號。

我們生物化學(xué)講到蛋白質(zhì)的內(nèi)容，想問一下一個(gè)名詞，什么叫“蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)庫”？

蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫是《生物信息學(xué)》里面的內(nèi)容。 簡單來說就是已知一段氨基酸序列的空間構(gòu)象（三級結(jié)構(gòu)），若另一蛋白質(zhì)分子中含有這段氨基酸序列，就可以大致推斷這個(gè)蛋白質(zhì)的空間構(gòu)象（三級結(jié)構(gòu)），而由這些已知的氨基酸序列的三級結(jié)構(gòu)構(gòu)成的庫就是相應(yīng)的數(shù)據(jù)庫_蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫。 也就是說如果將一個(gè)未知的蛋白質(zhì)分子的氨基酸序列進(jìn)行分段，而每段氨基酸序列之前有人對其空間構(gòu)象和功能進(jìn)行了研究并有了結(jié)果，然后上傳到數(shù)據(jù)庫里，那么我們就可以在已知數(shù)據(jù)庫里面進(jìn)行搜索匹配（那個(gè)未知蛋白質(zhì)要先做氨基酸測序），然后用能夠匹配的序列的空間構(gòu)象來推測我們要測的蛋白質(zhì)的空間構(gòu)象，進(jìn)而分析這個(gè)未知蛋白質(zhì)的功能。 這是數(shù)據(jù)庫的

生物大分子三級結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫有哪些

生物大分子指的是作為生物體內(nèi)主要活性成分的各種分子量達(dá)到上萬或更多的有機(jī)分子。常見的生物大分子包括蛋白質(zhì)、核酸、脂類、糖類。 這個(gè)定義只是概念性的，與生物大分子對立的是小分子物質(zhì)（二氧化碳、甲烷等）和無機(jī)物質(zhì)，實(shí)際上生物大分子的特點(diǎn)在于其表現(xiàn)出的各種生物活性和在生物新陳代謝中的作用。 比如：某些多肽和某些脂類物質(zhì)的分子量并未達(dá)到驚人的地步，但其在生命過程中同樣表現(xiàn)出了重要的生理活性。與一般的生物大分子并無二致。 生物大分子大多數(shù)是由簡單的組成結(jié)構(gòu)聚合而成的，蛋白質(zhì)的組成單位是氨基酸，核酸的組成單位是核苷酸…… 生物大分子都可以在生物體內(nèi)由簡單的結(jié)構(gòu)合成，也都可以在生物體內(nèi)經(jīng)過分解作用

蛋白質(zhì)的一級結(jié)構(gòu),二級結(jié)構(gòu),三級結(jié)構(gòu),四級結(jié)構(gòu)的特點(diǎn)以及主要維持作用力

1.一級結(jié)構(gòu)（primary structure)：氨基酸殘基在蛋白質(zhì)肽鏈中的排列順序稱為蛋白質(zhì)的一級結(jié)構(gòu)，每種蛋白質(zhì)都有唯一而確切的氨基酸序列。

2.二級結(jié)構(gòu)（secondary structure）：蛋白質(zhì)分子中肽鏈并非直鏈狀，而是按一定的規(guī)律卷曲（如α-螺旋結(jié)構(gòu)）或折疊（如β-折疊結(jié)構(gòu)）形成特定的空間結(jié)構(gòu)，這是蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)。蛋白質(zhì)的二級結(jié)構(gòu)主要依靠肽鏈中氨基酸殘基亞氨基（—NH—）上的氫原子和羰基上的氧原子之間形成的氫鍵而實(shí)現(xiàn)的。

3.三級結(jié)構(gòu)（tertiary structure）：在二級結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上，肽鏈還按照一定的空間結(jié)構(gòu)進(jìn)一步形成更復(fù)雜的三級結(jié)構(gòu)。肌紅蛋白，血紅蛋白等正是通過這種結(jié)構(gòu)使其表面的空穴恰好容納一個(gè)血紅素分子。

4.四級結(jié)構(gòu)（quaternary structure）：具有三級結(jié)構(gòu)的多肽鏈按一定空間排列方式結(jié)合在一起形成的聚集體結(jié)構(gòu)稱為蛋白質(zhì)的四級結(jié)構(gòu)。如血紅蛋白由4個(gè)具有三級結(jié)構(gòu)的多肽鏈構(gòu)成，其中兩個(gè)是α-鏈，另兩個(gè)是β-鏈，其四級結(jié)構(gòu)近似橢球形狀。

維持作用力：

用約20種氨基酸作原料，在細(xì)胞質(zhì)中的核糖體上，將氨基酸分子互相連接成肽鏈。一個(gè)氨基酸分子的氨基和另一個(gè)氨基酸分子的羧基，脫去一分子水而連接起來，這種結(jié)合方式叫做脫水縮合。通過縮合反應(yīng)，在羧基和氨基之間形成的連接兩個(gè)氨基酸分子的那個(gè)鍵叫做肽鍵。由肽鍵連接形成的化合物稱為肽。

擴(kuò)展資料：

蛋白質(zhì)是組成人體一切細(xì)胞、組織的重要成分。機(jī)體所有重要的組成部分都需要有蛋白質(zhì)的參與。一般說，蛋白質(zhì)約占人體全部質(zhì)量的18%，最重要的還是其與生命現(xiàn)象有關(guān)。

蛋白質(zhì)（protein）是生命的物質(zhì)基礎(chǔ)，是有機(jī)大分子，是構(gòu)成細(xì)胞的基本有機(jī)物，是生命活動的主要承擔(dān)者。沒有蛋白質(zhì)就沒有生命。氨基酸是蛋白質(zhì)的基本組成單位。它是與生命及與各種形式的生命活動緊密聯(lián)系在一起的物質(zhì)。

機(jī)體中的每一個(gè)細(xì)胞和所有重要組成部分都有蛋白質(zhì)參與。蛋白質(zhì)占人體重量的16%~20%，即一個(gè)60kg重的成年人其體內(nèi)約有蛋白質(zhì)9.6~12kg。人體內(nèi)蛋白質(zhì)的種類很多，性質(zhì)、功能各異，但都是由20多種氨基酸（Amino acid）按不同比例組合而成的，并在體內(nèi)不斷進(jìn)行代謝與更新。

參考資料：百度百科：蛋白質(zhì)