關于種屬鑒定、NCBI的BLAST比對和DNAMAN同源性分析的問題

ncbi主頁 進入 blast 進入 nucleotide blast 將序列粘入窗口中 選擇nucleotide cllection（nr/nt）選項 進行比對就可以了 出來的序列相似性最高的就是你的目的序列

blast序列比對怎么條參數(shù)，總出現(xiàn)No significant similarity found?

在提交比對序列的頁面下部就有參數(shù)調節(jié)，一般使用默認參數(shù)即可 你這個序列可能的確是新序列吧，所以在數(shù)據(jù)庫中找不到匹配的 如果是編碼蛋白的基因，將其翻譯成蛋白后用blastp來比對

BLAST驗證后堿基序列與所輸入序列不一致是怎么回事？

看起來上游引物只在5'多了3個base，下游引物5'多了3個base，也就是說向后挪了一個氨基酸。據(jù)我的經驗，這兩個引物應該不算有區(qū)別的=) 而且既然人家已經發(fā)出了文獻，就證明這個結果是被人認可的，跟blast不同也沒什么。 如果你實在不放心，不如用oligo6等軟件查一下，看看哪一組的tm比較接近就用哪個。P出來的東西可以算是一樣的。

VB如何實現(xiàn)反向互補序列，如將CGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGAC 轉換為：GTCGTGACTGGGAAAACCCTGGCG

PrivateSubForm_Load()

DimAAsString

DimBAsString

A=InputBox("請輸入堿基序列：","輸入！")

A=UCase(A)'變成大寫

Rem堿基互補配對

A=Replace(A,"C","1")

A=Replace(A,"T","2")

A=Replace(A,"G","3")

A=Replace(A,"A","4")

A=Replace(A,"1","G")

A=Replace(A,"2","A")

A=Replace(A,"3","C")

A=Replace(A,"4","T")

Rem反向

Fori=Len(A)-1To1Step-1

B=B&Mid(A,i,1)

Nexti

Rem輸出

CallInputBox("反向堿基序列為：","輸出反向堿基序列！",B)

End

EndSub

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復制上述代碼至代碼框運行看下效果吧，有問題再說.

BLAST驗證后堿基序列與所輸入序列不一致是怎么回事？

看起來上游引物只在5'多了3個base，下游引物5'多了3個base，也就是說向后挪了一個氨基酸。據(jù)我的經驗，這兩個引物應該不算有區(qū)別的=) 而且既然人家已經發(fā)出了文獻，就證明這個結果是被人認可的，跟blast不同也沒什么。 如果你實在不放心，不如用oligo6等軟件查一下，看看哪一組的tm比較接近就用哪個。P出來的東西可以算是一樣的。