蛋白質(zhì)動(dòng)力學(xué)的原理和公式各是什么？

蛋白質(zhì)折疊的動(dòng)力學(xué)研究 蛋白質(zhì)折疊第二個(gè)根本的科學(xué)問(wèn)題是具有完整一級(jí)結(jié)構(gòu)的多肽鏈又是如何折疊成為它 特定的高級(jí)結(jié)構(gòu) 這是一個(gè)折疊的動(dòng)力學(xué)的問(wèn)題,長(zhǎng)期以來(lái),主要用體外的實(shí)驗(yàn)方法研究, 雖然已有四五十年,但至今尚未解決.我們知道,多數(shù)蛋白質(zhì)在體外是不穩(wěn)定的,外界環(huán)境 的變化,如溫度,酸度等,都可以導(dǎo)致其空間結(jié)構(gòu)的破壞和生物活性的喪失,但卻并不破壞 它的一級(jí)結(jié)構(gòu),這稱為蛋白質(zhì)的變性.對(duì)蛋白質(zhì)變性作用的認(rèn)識(shí)是我國(guó)科學(xué)家吳憲在三十年 代基于他在國(guó)內(nèi)的工作首先提出來(lái)的,長(zhǎng)期以來(lái)已經(jīng)為國(guó)際上廣泛接受.變性的蛋白質(zhì)往往 成為一條伸展的肽鏈,由于一級(jí)結(jié)構(gòu)仍然完整,根據(jù)Anfinsen原理它應(yīng)該可以在一定的條 件

gromacs怎么做蛋白質(zhì)之間的分子動(dòng)力學(xué)

gromacs能模擬蛋白質(zhì)和蛋白質(zhì)相互作用 蛋白質(zhì)相互作用的預(yù)測(cè)方法很非常多，以下作了簡(jiǎn)單的介紹 1) 系統(tǒng)發(fā)生譜 這個(gè)方法基于如下假定：功能相關(guān)的(functionally related)基因，在一組完全測(cè)序的基因組中預(yù)期同時(shí)存在或不存在，這種存在或不存在的模式(pattern)被稱作系統(tǒng)發(fā)育譜；如果兩個(gè)基因，它們的序列沒(méi)有同源性，但它們的系統(tǒng)發(fā)育譜一致或相似．可以推斷它們?cè)诠δ苌鲜窍嚓P(guān)的。 2 2) 基因鄰接 這個(gè)方法的依據(jù)是，在細(xì)菌基因組中，功能相關(guān)的基因緊密連鎖地存在于一個(gè)特定區(qū)域，構(gòu)成一個(gè)操縱子，這種基因之間的鄰接關(guān)系，在物種演化過(guò)程種具有保守性，可以作為基因產(chǎn)物之間功

簡(jiǎn)述研究小分子與蛋白相互作用的方法有哪些

在生物化學(xué)中，涉及到蛋白質(zhì)與配體（包括蛋白質(zhì)結(jié)合小分子，酶催化底物和抑制劑結(jié)合等等）的相互作用時(shí)，有不少衡量相互作用的生化指標(biāo)，其中包括 Ki值（抑制常數(shù)），Kd值（解離常數(shù)），Km值（米氏常數(shù)） 1） Kd值：dissociation constant 針對(duì)的是蛋白質(zhì)與小分子（如LAC等），指的是解離常數(shù)，單位是M.該常數(shù)反映了與蛋白質(zhì)結(jié)合的小分子的解離速率，也直接決定蛋白質(zhì)與小分子的親和力（affinity）。是定量描述蛋白質(zhì)與小分子結(jié)合的主要生化指標(biāo)。 2） Ki 值：inhibitor constant 針對(duì)的是蛋白質(zhì)與抑制劑，指的是抑制劑常數(shù), 單位是M. 與Kd值的計(jì)算一樣，反映出

關(guān)于qsar方法的問(wèn)題。。。。

2001年國(guó)內(nèi)在藥物設(shè)計(jì)和分子模擬領(lǐng)域取得的主要進(jìn)展和成就。總的說(shuō)來(lái)，三維定量構(gòu)效關(guān)系方面的工作較多，并且與實(shí)驗(yàn)緊密結(jié)合；分子模擬領(lǐng)域的工作相對(duì)水平較高，既有方法方面的研究，也有在具體體系中的應(yīng)用；而由于知識(shí)產(chǎn)權(quán)方面的原因，目前基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計(jì)與虛擬篩選等方面的工作發(fā)表較少。 關(guān)鍵詞：三維定量構(gòu)效關(guān)系，分子動(dòng)力學(xué)，基于結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計(jì)，分子對(duì)接 計(jì)算機(jī)模擬已經(jīng)成為繼實(shí)驗(yàn)、理論之后的第三種研究手段，在科學(xué)的各個(gè)領(lǐng)域都得到了廣泛的應(yīng)用，并且發(fā)展迅速。藥物設(shè)計(jì)與分子模擬也是如此，其總體趨勢(shì)是計(jì)算精度越來(lái)越高，與實(shí)驗(yàn)結(jié)合日趨緊密。近年來(lái)，國(guó)內(nèi)藥物設(shè)計(jì)與分子模擬研究工作取得了長(zhǎng)足的進(jìn)展，其中，定量構(gòu)效關(guān)

怎樣分析小分子化合物與核酸或蛋白質(zhì)的相互作用?

以分析化學(xué)，生物化學(xué)與生物物理為研究背景，利用熒光技術(shù)、光散射技術(shù)、吸收光譜技術(shù)、圓二色譜技術(shù)、小角散射技術(shù)、核磁共振技術(shù)、掃描電鏡和壓電傳感器等手段可以研究小分子與蛋白質(zhì)、核酸的作用。