如何用pymol分離受體和配體，然后分別保存成兩個(gè).pdb文件？

把a(bǔ)utodock對(duì)接后的結(jié)果保存出bai來(lái)，用DS里面的疊合功能把這些小分子和原始配體疊合一下就行了。用PYMOL可以做的。

將autodock的小分子導(dǎo)出PDB格式，大分子部分也導(dǎo)出PDB格式。在maestro中有merge這一項(xiàng)，整合成一個(gè)完成的complex形式。在PYMOL中與晶體復(fù)合物align，可以得到疊合模式圖。

受體與配體之間結(jié)合的結(jié)果是受du體被激活，并產(chǎn)生受體激活后續(xù)信號(hào)傳遞的基本。在生理?xiàng)l件下，受體與配體之間的結(jié)合不通過(guò)共價(jià)鍵介導(dǎo)，主要靠離子鍵、氫鍵、范德華力和疏水作用而相互結(jié)合。受體在與配體結(jié)合時(shí)，具有飽和性、高親和性、專(zhuān)一性、可逆性等特性。

擴(kuò)展資料：

PyMOL適用于創(chuàng)作高品質(zhì)的小分子或是生物大分子（特別是蛋白質(zhì)）的三維結(jié)構(gòu)圖像。軟件的作者宣稱(chēng)，在所有正式發(fā)表的科學(xué)文獻(xiàn)中的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)圖像中，有四分之一是使用PyMOL來(lái)制作。

PyMOL是少數(shù)可以用在結(jié)構(gòu)生物學(xué)領(lǐng)域的開(kāi)放源代碼視覺(jué)化工具。

軟件以Py+MOL命名：“Py”表示它是由一種計(jì)算機(jī)語(yǔ)言Python所衍生出來(lái)的，“MOL”表示它是用于顯示分子（英文為molecule）結(jié)構(gòu)的軟件。

參考資料來(lái)源：百度百科-PyMol

分子對(duì)接2d圖怎么分析

分子對(duì)接2d圖用Autodock-Vina分析。

在開(kāi)始蛋白-分子的互作分析前，我們當(dāng)然需要一個(gè)蛋白-分子結(jié)合文件圖，即一個(gè)PDB文件。通常，在使用軟件完成蛋白-分子對(duì)接后，我就能利用對(duì)應(yīng)的軟件去提取蛋白-分子結(jié)合的文件，即PDB文件。不同的軟件有不同的方法。

以Autodock-Vina為例。

PTGS2.pdb：原始的受體蛋白，包含了這個(gè)晶體自帶的配體。

PTGS2.pdbqt：受體蛋白，經(jīng)過(guò)處理從PDB轉(zhuǎn)化成PDBQT格式wend。

Paeonol.pdbqt：小分子，我是利用Open Babel直接從MOL2格式轉(zhuǎn)成PDBQT格式。

Paeonol.zip：Windows下，利用PaDEL-ADV對(duì)接運(yùn)行完成后，產(chǎn)生的對(duì)接結(jié)果壓縮文檔。

result.csv：記錄對(duì)接得分的csv文件。

Paeonol.out.pdbqt：對(duì)接運(yùn)行記錄文檔。

Paeonol.out_ligand_1.pdb：對(duì)接得分1中小分子pdb格式文件，小分子的空間結(jié)構(gòu)發(fā)生了改變以便與PTGS2結(jié)合，同時(shí)其記錄的分子結(jié)構(gòu)的空間坐標(biāo)與原始的分子文件不同。

當(dāng)前分子的空間坐標(biāo)已經(jīng)與PTGS2受體文件的空間相適應(yīng)，以便于后期組裝成蛋白-分子復(fù)合物。不同的得分2-9，分別對(duì)應(yīng)不同的分子文件。

Paeonol.out_ligand_1.pdb：對(duì)接得分1中小分子PDBQT格式文件。

Paeonol.pdb：原始的Paeonol小分子PDB格式文件。

分子對(duì)接dlg文件很小

文件很小是正常的，這個(gè)文件本來(lái)就不大，一般有50對(duì)就是正確的結(jié)果。你可以對(duì)照以下步驟，判斷你的操作是否有誤：

1. 蛋白的pdbqt準(zhǔn)備：包括加氫、計(jì)算電荷、添加原子類(lèi)型

打開(kāi)AutoDockTools，菜單欄File->Read Molecule,選擇蛋白的pdb文件，點(diǎn)擊打開(kāi)。

pdbqt是AutoDock 特定的坐標(biāo)文件格式。

1.1加氫：菜單欄Edit->Hydrogens->Add，選擇All Hydrogens或Polar Only，點(diǎn)擊OK。

1.2計(jì)算電荷：菜單欄Edit->Charges->Compute Gasteiger，點(diǎn)擊確定。

1.3給蛋白添加原子類(lèi)型：菜單欄Edit->Atoms->Assign AD4 type。

1.4導(dǎo)出為PDBQT文件：菜單欄File->Save->Write PDBQT，點(diǎn)擊OK，此時(shí)可在工作目錄下看到多了一個(gè)pdbqt文件。

2.小分子的pdbqt準(zhǔn)備：Edit->Delete->Delete Molecule，刪除蛋白

2.1打開(kāi)小分子，查看電荷：通過(guò)ADT菜單欄Ligand->Input->Open，選擇小分子結(jié)構(gòu)文件（pdb或mol2），點(diǎn)擊打開(kāi)，彈出的對(duì)話(huà)框，點(diǎn)擊‘確定’

剛才這個(gè)對(duì)話(huà)框里面有個(gè)提示，就是小分子的總電荷數(shù)不是整數(shù)，所以要調(diào)整下。

菜單欄Edit->Charges->Check Totals on Residues”，彈出對(duì)話(huà)框，點(diǎn)擊Spread Charge Deficit over all atoms in residue，使電荷均勻分配，然后點(diǎn)擊“Dismiss”

2.2判定配體的root：ADT菜單欄：Ligand->Torsion Tree->Detect Root

2.3 選擇配體可扭轉(zhuǎn)的鍵：Ligand->Torsion Tree->Choose Torsions，彈出對(duì)話(huà)框。

其中紅色表示不可旋轉(zhuǎn)的鍵，綠色表示可旋轉(zhuǎn)鍵，紫色表示不可扭轉(zhuǎn)，通常為肽鍵，點(diǎn)擊“Done”。如果要設(shè)置某個(gè)鍵不可扭轉(zhuǎn)，那么先按住shift鍵，然后鼠標(biāo)單擊即可（顏色變成紫色）。

2.4導(dǎo)出為PDBQT：ADT菜單欄Ligand->Output->Save as PDBQT。

3 正式對(duì)接

3.1 Grid打開(kāi)蛋白：Grid->Macromocule->Open，打開(kāi)保存的蛋白的pdbqt文件。彈出的對(duì)話(huà)框，點(diǎn)擊Yes及確定確定

3.2 Grid 打開(kāi)小分子：Grid->Set Map Types->Open ligand。打開(kāi)保存的小分子的pdbqt文件

3.3 設(shè)置GridBox：Grid->Grid Box，出現(xiàn)Grid Options對(duì)話(huà)框。調(diào)整X,Y,Z及格子中心坐標(biāo)。

設(shè)置完成后點(diǎn)擊Grid Options 菜單中：File->Close saving current （保存并關(guān)閉對(duì)話(huà)框）。

3.4保存gpf文件：ADT菜單欄：Grid->Output->Save GPF，對(duì)話(huà)框中，輸入文件名。注意：不要省略后綴名。

3.5 運(yùn)行autogrid：Run->Run Autogrid，Parameter Filename選擇剛才保存的gpf文件，點(diǎn)擊Launch。默認(rèn)輸出glg文件，運(yùn)行完成后，出現(xiàn)多個(gè)map文件。

4. 進(jìn)行對(duì)接

4.1 Docking打開(kāi)蛋白：Docking->Macromocule->Set rigid Filename，選擇保存的蛋白的pdbqt文件

4.2 Docking打開(kāi)小分子：Docking->Ligand->Open，選擇保存的小分子的pdbqt文件。對(duì)話(huà)框選擇Accept

4.3 Docking設(shè)置算法：Docking->Search Parameters->Local Search Parameters，Accept采用默認(rèn)設(shè)置

注：選擇Local Search Parameters是為了快速計(jì)算，也可選Genetic Alogorithm，計(jì)算更精確一些。如果這里算法改變，對(duì)應(yīng)導(dǎo)出參數(shù)文件OUTPUT時(shí)也應(yīng)相應(yīng)改變。

4.4 Docking設(shè)置對(duì)接參數(shù)：Docking->Docking Parameters，選擇Accept采用默認(rèn)設(shè)置

4.5 Docking導(dǎo)出為dpf對(duì)接參數(shù)文件：Docking->Output->Local Search（4.2），輸入文件名。注意：加上后綴名.dpf

4.6 進(jìn)行對(duì)接：Run->Run AutoDock，Parameter Filename選擇剛才保存的dpf文件，點(diǎn)擊Launch。

運(yùn)行完成后，多出一個(gè)dlg文件，這就是對(duì)接的最終結(jié)果，一般有50種對(duì)接方式。

分子對(duì)接是用cpu還是gpu

分子對(duì)接的基本原理就是把配體分子放在受體活性位點(diǎn)的位置，然后按照幾何互補(bǔ)和能量互補(bǔ)的原則來(lái)實(shí)時(shí)評(píng)價(jià)配體與受體相互作用的優(yōu)劣，最終找到這兩個(gè)分子之間最佳的結(jié)合模式。 分子對(duì)接分為剛性、半柔性和柔性對(duì)接。不同的對(duì)接軟件又可以分為：商業(yè)軟件和學(xué)術(shù)軟件，而分子對(duì)接的計(jì)算結(jié)果，則體現(xiàn)為打分函數(shù)的不同。目前用的比較多的分子對(duì)接軟件有：AutoDock、AutoDock Vina、LeDock、rDock，這些都是學(xué)術(shù)軟件；商業(yè)軟件有：Glide、GOLD、MOE Dock、Surflex-Dock、LigandFit、FlexX等等。 做分子對(duì)接，一般對(duì)接的分子量都很大，到底有多大？就是很大！ 我來(lái)舉個(gè)例

分子對(duì)接前，含有配體的復(fù)合蛋白怎么處理

分子對(duì)接前，含有配體的復(fù)合蛋白怎么處理 我的處理方法是直接在pdb文件上把小分子刪除，然后還是需要優(yōu)化下的。不過(guò)我也是新手，不知道這么做有沒(méi)有問(wèn)題。。